発見された無花粉スギは、葉の形、樹形など外見上著しくほかと異なる特徴はなく、雄花も普通のスギと同じように形成されています。しかし、２月下旬から３月上旬の開花する時期にこのスギの雄花の中を調べてみると花粉は全く入っていません。顕微鏡で花粉の形成過程を観察してみると、最初は他のスギと同じように花粉の細胞が作られるものの、最終的には完全に崩壊することが明らかになりました。しかし、種子の方は正常なものが採取され、発芽やその後の成長も全く問題はなかったことから、雌花の機能は正常であることが分かりました。